В стандартную обработку "Поиск и замена значений" добавлен фильтр по организации. Фильтрация происходит по всем объектам, где есть организация, кроме табличных частей документов.
Если организация не выбрана, обработка работает как стандартная.
После выбора организации и нажатия кнопки "найти ссылки" в список ссылок для обработки попадают только те ссылки, в реквизитах имеется выбранная организация.
Обработка не работает для табличных частей документов (можно сделать, но не было надобности).