В запросе выполнено полное объединение регистров накопления: "Товары в рознице" и "Партии товаров на складах". Для отбора по фирмам необходимо добавить Номенклатуре свойство: "Фирма". Завести несколько значений этого свойства и прицепить к элементам Номенклатуры.
Разумеется, если в учете по партиям не все в порядке (при проведении документов появляется сообщение о несписании товара по партиям), то и ожидать одинакового количества товара в рознице и по партиям не стоит.