Оказывается 1С позаботилась о подобных случаях: "Глобальная замена" может производить замену не только в конфигурации, но и во внешних обработках, лежащих в папке на диске. Осталось написать обработку, которая выгрузит все разом из справочника внешних обработок, а после замен поможет загрузить обратно.
Я предлагаю свою обработку, которая поможет произвести выгрузку и обратную загрузку внешних отчетов и обработок. Ограничения:
1. Обработка рассчитана на то, что файл внешней обработки хранится не в табличной части элемента, а в шапке.

2. Обработка рассчитана на то, что в справочнике внешних обработок нет элементов с одинаковым полем "Наименование".
А теперь по шагам.
1. Запускаем обработку врежиме 1С:Предприятие и выгружаем все внешние отчеты и обработки в папку:

Получим что-то типа:
2. Составляем таблицу замен:
| Страя функция | Новая функция |
| ОбщегоНазначения.ПолучитьОписаниеТиповДаты | ОбщегоНазначенияЗК.ПолучитьОписаниеТиповДаты |
| ОбщегоНазначения.СформироватьСуммуПрописью | ОбщегоНазначенияЗК.СформироватьСуммуПрописью |
| ОбщегоНазначения.ГоловнаяОрганизация | ОбщегоНазначенияЗК.ГоловнаяОрганизация |
| ОбщегоНазначения.ПолучитьРабочуюДату | ОбщегоНазначенияЗК.ПолучитьРабочуюДату |
| ОбщегоНазначения.РазложитьСтрокуВМассивПодстрок | ОбщегоНазначенияЗК.РазложитьСтрокуВМассивПодстрок |
| ОбщегоНазначения.ФамилияИнициалыФизЛица | ОбщегоНазначенияЗК.ФамилияИнициалыФизЛица |
| ОбщегоНазначения.ВывестиИнформациюОбОшибке | ОбщегоНазначенияЗК.ВывестиИнформациюОбОшибке |
| ОбщегоНазначения.ФорматСумм | ОбщегоНазначенияЗК.ФорматСумм |
| ОбщегоНазначения.ПустоеЗначениеТипа | ОбщегоНазначенияЗК.ПустоеЗначениеТипа |
| ОбщегоНазначения.ПредставлениеРаботника | ОбщегоНазначенияЗК.ПредставлениеРаботника |
| ОбщегоНазначения.СообщитьОбОшибке | ОбщегоНазначенияЗК.СообщитьОбОшибке |
3. В Конфигураторе идем в меню "Правка" - "Глобальная замена..." и заполняем поля диалога следующим образом:

Путь к выгруженным обработкам указываем на вкладке "Файлы":

4. Выполняем замены по таблице во втором пункте.
5. Закрываем все окна через меню "Окна" - "Закрыть все". На каждое предложение о сохранении изменений отвечаем утвердительно.
6. Снова используем обработку для загрузки файлов в базу.
7. PROFIT!!!
Вступайте в нашу телеграмм-группу Инфостарт