Строго говоря запуск этой обработки прописан в процедуре ПриНачалеРаботыСистемы() и он выполняется в независимости от каких-либо условий. Возможен способ автоматизированного закрытия этого окна без изменения конфигурации.
Создаем внешнюю обработку, которая закрывает данное окно.
Далее необходимо прописать запуск этой обработки при открытии базы. Выделяем нужную базу, нажимаем зменить, потом далее, и ещё раз далее). После этого увидим строку - Дополнительные параметры запуска:
Пишем в ней следующий текст /Execute "Путь к файлу обработки и её имя", например /Execute "С:\Тест.epf" (если обработка называется "Тест" и лежит на диске "С:".
Данную операцию нужно проделать за каждым компьютером пользователя.