1. Установка времени запуска производится в Окне "Настройка".
При установке флажка Автозапуск можно установить время запуска и другие флажки.
Сохранение протокола обработки может понадобится при установлении Автоматического выхода при завершении, тогда пользователь не сможет прочитать сообщения сформированные во время обработки. Однако есть некоторая тонкость, окно 1с должно быть активным (т.е. если вы заблокируете компьютер, то протокол не сохранится).
После установки Автозапуска пользователь может продолжать работать в 1с, т.к. используется ПодключитьОбработчикОжидания().
Прогрессор выводит в панели время оставшееся до запуска обработки.
2. Для установки ручного порядка обработки документов в таблице отобранных объектов добавлена колонка "Приоритет". При начальном заполнении эта колонка заполняется с шагом 10. При необходимости Приоритет можно изменить вручную. После этого необходимо нажать кнопку "Сортировать по приоритету", чтобы объекты обработки выстроились в нужном порядке.