Запускаем обработку в архиве.
Выбираем регистр бухгалтерии
затем Счет.
Если нужно, то устанавливаем отбор (табличная часть).
Жмем кнопку Выгрузить и выбираем файл, куда сохраняться документы. Затем, запускаем обработку в рабочей базе, устаналиваем ТАКОЙ же отбор, как и в архиве и жмем кнопку прочитать, где выбираем ранее сохраненный файл и смотрим различия.
P.S. Код обработки открыт. Если есть идеи по улучшению, пишите. Такая же просьба, если что дополните в обработке, скиньте на ящик darkdan77@mail.ru.