Расчет ведется по регистру "УчетЗатрат".
В дополнительных настройках можно для определенной номенклатуры, находящейся на определенных складах, изменять себестоимость, в соответствующих колонках она будет отображена как СпецСебестоимость, соответственно расчет спецприбыли, спеццены.
При отметке галочки Фильтровать контрагентов по текущему пользователю, отчет будет формироваться по документам текущего пользователя.
Из отчета можно исключить ненужных контрагентов.