1С:Предприятие использует SQL Server драйвер способный декодировать Always Encrypted зашифрованные данные без каких-то проблем, например, через внешние источники данных.
Процесс шифрования параметров или изменения данных, скорее всего, потребует отдельного подхода.
Я не затрагиваю тему 1С в презентации, но все ограничения и особенности применимы к платформе точно так же, как и к любым другим клиентам SQL Server.