Если вы сохраняете конфигурацию из подключенной к хранилищу базы для разработки в файл "хранилище.cf", затем его сравниваете с боевой базой и у вас всё тормозит, значит реквизиты с одинаковым именем в боевой базе и в хранилище имеют разные GUID. Чтобы это исправить, надо:
1. Выполнить загрузку конфигурации из файла "хранилище.cf" в боевую базу данных, отказаться от обновления.
2. Нажать "Конфигурация базы данных" - "Сравнить, объединить с конфигурацией БД".
3. Увидеть какие реквизиты удалились, какие создаются (у них будет одно имя, но различается внутренний GUID), записать список этих реквизитов. Пример - см скриншот.
4. В боевой базе данных вернуться к конфигурации базы данных.
5. Сохранить конфигурацию из боевой базы в файл "боевая.cf". Боевая база больше не нужна.
6. В подключенной к хранилищу базе для разработки захватить объекты, удалить все записанные ранее реквизиты.
7. Сравнить с файлом "боевая.cf". Добавить ранее удаленные реквизиты. Они добавятся с теми GUID, которые имеют в боевой базе.
Всё, теперь если опять сохранить файл "хранилище.cf" и сравнить в боевой базе то сравнение будет работать быстро, так как теперь совпадают не только видимые имена реквизитов, но и их внутренние идентификаторы. Единственное, из этих реквизитов удалятся все данные в базе для разработки.