При переносе данных из Бухгалтерии 1.6 иногда начинают неправильно считаться курсовые разницы.
Суть проблемы оказалось в отсутствии галочки "Валютный" на субконто Банковский Счета.
Поставить ее тоже не просто. Для этого надо зайти в конфигуратор и в модуле плана счетов Хозрасчетный закомментировать:
//ЗапрещенныеСчета.Добавить(ПланыСчетов.Хозрасчетный.ВалютныеСчета);
После ставим галку на всех нужных счетах и перепроводим документы.
Можно не забыть убрать коментарии в конфигураторе. :)