В качестве идеи взята публикация № 933701.
Столкнулись с похожей проблемой (разрастанием базы в несколько раз).
Как выяснилось база распухла из-за огромного количества записей в регистрах сведений с различными замерами.
Исходя из того, что в базе работают в режиме 24/7, подвесить базу на время очистки не лучший вариант.
Было решено чистить по временным промежуткам.
Обработка проверена на конфигурациях БП (3.0.75.109) и ERP (2.4.11.83), но вполне может работать и на других конфигурациях с БСП.