Для запуска данной обработки необходимо нажать "Файл/открыть". После запуска откроется примитивная форма обработки, в которой необходимо указать организацию, по которой будут удаляться все объекты и движения.
При нажатии кнопки "Очистить базу" запускается процесс очистки, но перед этим вы увидите предупреждающее окно, о выполнении резервной копии. Необходимо нажать "Да", если вы все сделали и начнется удаление данных по организации. В зависимости от объема данный, процесс удаления может занять продолжительное время от 5 минут до часу и более и поэтому рекомендуется делать это вне рабочее время.
Данная обработка подходит для таких баз как Бухгалтерия предприятия 3.0;Управление торговлей 11.4, Управление предприятием ERP 2.4,Зарплата и управление персоналом 3.1, Комплексная автоматизация 2.4, Розница 2.2, Управление нашей фирмой 1.6 и в моем случае тестировалась на базе БП релиз 3.0.88.22 и ЗУП КОРП 3.1.16.108
Что касается использование в одной базе нескольких организаций и взаимодействие их между собой (движения, создание документов), то выяснить каким образом будет данное удаление не получилось протестировать. И поэтому лучше использовать обработку при удалении организации, с которой в этой же базе у вас нет документооборота, движений с другой организацией.