Обработка сделана на базе стандартной ПоискИЗаменаЗначений.
Можно сделать отбор по Виду договора и контрагенту.
При заполнении потенциально лишних договоров выбирается последний по дате (и коду) договор, который заполняется в столбец Основной договор, все остальные договоры в Прочий договор.
Свертка договоров осуществляется в разрезе видов договоров и валюты.
В общем случае выбираем организацию, жмем Заполнить, потом Пометить на удаление, Перенести в обработку.
Далее на закладке Обработка жмем Найти ссылки и Выполнить замену значений.
Если есть расчеты в валюте, то замена может не пройти из-за переоценки валюты в регламентных операциях(будет ругаться на неуникальность записей в регистре). Для таких случаев есть кнопка Убрать регламентные операции, и чтобы все было ровно и ссылки на договора очистились, придется перепроводить все закрытия месяцев.