Обработка удаляет документы по выбранной организации до указанной даты. Или помечает их на удаление при установленном флажке.
Перебрав в цикле объекты метаданных документы, составим запрос из тех документов что имеют реквизит "Организация".
После полученого списка документов запросом, производим их удаление. Ссылочная целостность не проверяется.