В настройках необходимо выбрать Справочник "Характеристики номенклатуры", "Наименования", "По равному значению".
Далее как обычно запускаете Найти элементы -> Автозамена -> Автоопределение правильных элементов -> Поиск во всех группах.
Обработка находит равные значения и удаляет одно из них, ссылки на удаляемую характеристику заменяет на остающуюся.
В общем, простая и удобная обработка.