Обработка писалась на релизе 3.0.39.57 (но и для более ранних релизов также подходит).
Для перенумерации выбираем период, организацию (обязательное поле), по которой будет производиться перенумерация, контрагента (обязательное поле) и сам вид документа. Указываем при необходимости префикс и начальный номер. После завершения появится сообщение с указанием количества обработанных документов.
Данную обработку можно добавить в справочник "Дополнительные отчеты и обработки".