Удалить можно с помощью встроенной обработки "Поиск и удаление дублей", но она просто так не удаляет...
Алгоритм:
1. Выгрузить конфигурацию в файл.
2. См. в файле публикации (в форме обработки).
3. Удалить дубли элементов типовыми средствами встроенной обработкой (Админиcтрирование - Поддержка и обслуживание - Поиск и удаление дублй).
ВАЖНО. При выборе справочника в обработке ставьте поиск по полному совпадению и если есть код то и по коду, по умолчанию обработка удаления дублей выдает совпадение по похожим словам.
ВАЖНО. Справочник Виды Контактной информации тоже требует особого внимания и ручной работы с ним с помощью обработки //infostart.ru/public/305892/ - названия элементов совпадают в разных папках.
ВАЖНО Некоторые справочники совпадают по наименованиям, но не совпадают по кодам - моя обработка их все равно покажет (смотрит только по наименованию).
Посмотреть в каких справочниках задублировано из предопределенных можно кнопкой в обработке или своим способом.
4. С дублями папок (встроенной они не убираются) разобраться вручную можно с помощью обработки: //infostart.ru/public/305892/
4. Загрузить конфигурацию из файла (тот что получился в п.1)
5. Удаление помеченных на удаление.