Столкнулся с переименованием организации, по сути новое предприятие со старым штатом сотрудников. Убираем документы, заводим новое имя организации и вперед.
Она у меня хранилась давно, когда еще работал на 8.2, перешел на 8.3.
Запускается вот так: откройте конфигуратор, через меню Сервис - Параметры - Запуск 1С:предприятие - Основные - Приложение установите флажок на Толстый клиент (обычное приложение) - нажмите ОК.
После запускаем из-под конфигуратора (ctrl+F5) предприятие, открываем вручную обработку и вуаля - ставим галочки, выбираем предприятие, которое надо удалить из базы, и поехали (не быстро - ресурсоемко).
На момент выкладки чищу свою базу. Один, но очень важный нюанс: в администрировании - поддержка и обслуживание нужно снять галочку (защита от удаления).
С первого подхода было 82 тысячи документов, со второго подхода 40тысяч - после снятия галочки нет документов и нет документов. Сейчас отправляю на тест своим "бухам".