Обработка "Поиск и замена дублей справочников" имеет единственный недостаток который я увидел - это невозможность наити и удалить дубли в разрезе владельца. Это обработка может найти дубли справочников в разрезе владелца по произвольным полям и выполнить объединение, например: у номенклатуры "Шруп" есть 2 характеристики номенклатуры "Белый", которые надо объединить в одну, или у номенклатуры "Шуруп" есть 2 единицы измерения "шт".
Обработка предназначена для объединения только подчиненных справочников, таких как Характеристика номенклатуры, Серия номенклатуры, Единицы измерения, Договоры контрагента, т.д.