Валялась давно обработка подобная под обычное приложение, а тут попросили помочь почистить базу. Вместо того что бы объяснять как запустить такую обработку в управляемом приложении решил переделать.
Собственно все просто в использовании и интуитивно, предназначена для справочников не имеющих подчиненных. Поэтому, кто хочет почистить Номенклатуру или Контрагентов эта обработка не поможет.
После запуска обработки слева выбираем нужные справочники и нажимаем «Найти неиспользуемые». Заполняется таблица справа.
В ней выбираем (если нужно что то оставить) элементы для пометки на удаление и нажимаем «Пометить на удаление».