Разбор будем проводить на конфигурации 1С: Управление небольшой фирмой, редакция 1.6 (1.6.15.39).
Если открыть общую форму "ФормаСпискаОтчетов" и хорошенько покопаться в запросе, то можно увидеть искомое:
1) В списке "Все отчеты" отбор устанавливается по тегам, которые прописываются в регистре сведений "Настройка вариантов отчетов УНФ". Следовательно данная проблема легко решается, если зайти в этот регистр и прописать вручную список тегов через запятую. Но можно столкнуться с проблемой когда нужный нам отчет написан не на СКД и его просто нет в списке. В этом случае необходимо его программно добавить в справочник "ВариантыДополнительныхОтчетов", правильно указав идентификатор команды, взятой из табличной части справочника "ДополнительныеОтчетыИОбработки" и добавив его в регистр сведений "НастройкиВариантовОтчетовУНФ". Либо можно просто воспользоваться предложенной обработкой.
2) Список избранных отчетов хранится в хранилище системных настроек "Общее/ИзбранноеРаботыПользователя" и просто так залезть и ручками подправить уже не получится. Необходимо программно добавить новый элемент типа "ЭлементИзбранногоРаботыПользователя" в котором указать навигационную ссылку на элемент справочника "ВариантыДополнительныхОтчетов" (либо воспользоваться предложенной обработкой).
Обработка выводит список всех ваших отчетов и позволяет добавлять их в список избранных или привязывать к подсистемам через теги. Теги вводятся без пробелов, через запятую.
Также обработку можно запускать на конфигурациях, основанных на УНФ 1.6, таких как "1С: Автосервис".