Добавлен отдельный регистр сведений в котором хранится настройка формирования документа в разрезе организаций, см. скриншоты.
Больше ничего не требуется, остается как обычно заполнить документ.
Для подключения: Администрирование - Печатные формы, отчеты и обработки - Расширения - Добавить из файла.
Тестировался на версии платформы 8.3.15 - 8.3.18 и ЗУП версии 3.1.14.