Типовая обработка поиск и замена значений с прикрученной возможностью делать отбор ссылок. Делал "на коленке" поэтому наверняка есть недоработки (в основном по интерфейсу) но основную роль она выполняет.
При открытии формы отбора при добавлении элемента отбора обязательно ставте галочку иначе этот элемент не будет учитываться! Кнопка СохранитьОтбор не делает ничего, после того как выбрали элемент отбора и поставили галочку, закрываете форму и радуетесь.
Поясняю что добавил: После поиска ссылок на заменяемый объект идет поиск ссылок на объекты отбора, и сравниваются эти таблицы значений, совпадающие ссылки во ВСЕХ таблицах формируют результирующую таблицу которая и выводится на экран. Следовательно, заменятся будут ссылки которые будут ссылки которые НАДО заменять из результирующей таблицы. Как то так.
UPD: Добавил также такую же обработку для управляемого приложения.