Суть в следующем: при наличии вложенных элементов сначала выводится сам элемент, а на следующем уровне иерархии опять же он и подчиненные элементы.
Данное "странное" поведении СКД - не ошибка. Таким образом учитывается ситуация, когда родитель является не только группировкой данных, но и тоже данными.
Один из примеров - иерархия подразделений предприятия. Однако часто учет ведется только по детальным элементам, а родитель играет роль группировки.
Например, номенклатура или проектные задачи.
Для справочника с иерархией групп и элементов наиболее простой способ: добавление условия НЕ Номенклатура.ЭтоГруппа в текст запроса.
В целом же верное решение является весьма неочевидным.
Суть: отбор записей группировки, в которых значение в иерархической записи совпадает со значением самой записи.
Источник данного способа:
https://partners.v8.1c.ru/forum/topic/1035968
В файлах - выгрузка базы, демонстрирующей решение.
(Справочник1, Отчет1)