Обработка "Удаление помеченных объектов" использует стандартную обработку "удаление помеченных объектов с отбором по метаданным"
При наличии ссылок на объект, объект не удаляется. Есть возможность "проваливаться" в ссылки на объекты из формы обработки.
Также при невозможности удалить какой-то объект (например, стоит какой то запрет на редактирование) обработка идет дальше, а не останавливает работу, как стандартный метод в 1с (В меню "операции" - "удаление помеченных объектов")