Принцип простой:
1. Открываем обработку в копии базы, выбираем справочник, указываем файл для выгрузки данных и жмем кнопку "Выгрузить данные справочника". Код, Наименование, ПометкаУдаления и ИД выгрузятся в табличный документ.
2. Открываем обработку в рабочей базе, выбираем тот же справочник, наш выгруженный файл и жмем кнопку "Сравнить справочник с выгрузкой". Обработка получает аналогичную выгрузку элементов справочника текущей базы, ищет такие же элементы по ИД в файле выгрузки и, если находит, помечает ОК и далее сравнивает их по коду, наименованию и пометке уаления (также фиксируя изменения). Те элементы, которые не удалось найти по ИД, считаются отсутствующими и выносятся в отдельную табличку. На выходе получаем 3 таблицы: данные текущей базы, данные копии и отсутствующие.
Будут замечания/предложения - пишите.