В результате попыток решения проблемы выяснилось, что все вышеперечисленные проблемы возникают из-за того, что 1С хранит настройки печати в реестре, а именно:
HKEY_CURRENT_USER\Software\1C\1Cv7\7.7\НазваниеБазы\V7\ИмяПользователя\Moxel
Обычно проблема решается администратором, который заходит в реестр и удаляет эту ветку реестра, но если пользователей много, а в моем случае пользователей очень много, это не вариант. Решил автоматизировать процесс и написал код, который поставил в процедуру ПриНачалеРаботыСистемы() в глобальном модуле конфигурации (если используется несколько конфигураций, как в моем случае, то это необходимо сделать для каждой конфигурации).
Код внутри тестовой обработки, функцию из обработки необходимо разместить в глобальном модуле в произвольном месте, текст из процедуры сформировать разместить в процедуре ПриНачалеРаботыСистемы().
Обработка при нажатии кнопки Сформировать с помощью функции "ПолучитьТекущуюБазу(КаталогИБ())", которая возвращает имя БД, удаляет из HKEY_CURRENT_USER\Software\1C\1Cv7\7.7\НазваниеБазы\V7\ИмяПользователя\Moxel настройки принтера по умолчанию, по сути можно очистить всю ветку MOXEL, если необходимо выполнить сброс всех настроек печати для данного пользователя данной БД.