Если так произошло, что поставили "кривое" обновление и где-то там есть косяк, например, с синтаксической ошибкой (без реорганизации), обычно делал так: установил программку WhoLockMe и позакрывал все ссылки на файл вручную (без сброса процессов). Потом открываю файл MD через StreamEditor или Far с плагином... (много их есть даже на русском), правлю модуль и сохраняю. Кому критично - просто перезапускает 1Ску.
Где может быть зарыта собака? Раньше почему никто не предлагал подобный метод, кроме как gcomp (более сложно считаю). Данные не повреждаются. Да, забыл написать, использую компоненту Handle.exe (http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896655.aspx) с параметрами командной строки (уже есть в файле).