Так как стандартного механизма чистки регистра я не увидел, то пришлось быстренько написать программу, которая обрабатывает регистр сведений "Версии объектов" и удаляет все записи до определенной даты.
Так как информации много, то обработка работает, но не сказал бы, что быстро.