Сначала надо найти документы, затем нажать на кнопку "Сформировать строки для передачи в базу-источник", скопировать текст в буфер обмена, открыть данную обработку в базе-источнике, вставить текст на вкладке "Регистрация в базе-источнике" и нажать на кнопку "Зарегистрировать к обмену документы с движениями".
В результате к обмену будут зарегистрированы и документы, и их движения.