Нужно выбрать организацию, даты начала и окончания, установить префикс (если необходимо) и начальный номер.
Если нумерация уже велась, то для правильного определения начального номера и префикса нужно выбрать организацию и установить начальную дату днем, когда нумерация еще была правильной.
Тогда префикс и начальный номер определятся сами.
Их, конечно, можно и вручную выставить.
Проверено в конфигурации Бухгалтерия предприятия, редакция 2.0 (2.0.64.37).