В свое время столкнулся с задачей, когда нужно было подсоединиться к нескольким БД и выгрузить по ним однотипные данные в 1 файл.
В обработке указываем список баз, к которым хотим подключиться. Указываем логин и пароль для подключения. Нажимаем выгрузить, и обработка последовательно подключится к каждой базе и запишет данные в 1 файл, и заархивирует его.
В данном примере я взял запрос для выгрузки справочника пользователи (уж он то должен быть во всех конфигурациях). Выгрузка производится в txt файл с последующей архивацией в zip.
Повторюсь, эта обработка только примера как можно реализовать получение данных из нескольких БД и выгрузить их в файл с последующей архивацией, т.е. шаблон для составления обработки под свои нужны.