Если в условии выбрать счет БУ, а в доп.фильтре источник, то заменять будет согласно источнику.
Галка "заменять" ставит/снимает все галки по объекту в найденных ссылках.
Если не ставить галку "применять изменения", то можно при замене посмотреть, какие могут быть ошибки при перепроведении документов, и поправить ошибки до окончательной замены.