Для того чтобы исправить ситуацию, нужно такому льготнику в справочнике сотрудники, на закладке бух. и налоговый учет ввести инвалидность нажав на кнопку изменить и выбрав пункт "сведения для расчета страховых взносов", при этом необходимо указать в качестве даты начала 01.01.10. дату окончания нужно оставить пустой. Если этого не сделать то при расчете, программа будет считать что застрахованное лицо обычный наемный сотрудник и в табл. начислений будет очищать взносы.
Кроме того, на закладке "Основные" необходимо первый раз очистить (если что либо вручную ввели) форму "ввод данных" -> Персонифицированный учет ПФР. И уже после первого заполнения пачек, вручную проставить коды в "ввод данных" -> Персонифицированный учет ПФР. А потом пачки сформировать повторно.
Далее в форме подготовки есть поля ввода сумм, уплаченных в отчетном периоде. Сюда необходимо занести суммы уплаты в погашение начисленных взносов текущего периода за шесть месяцев без хвостика за прошлые отчетные периоды. Кстати, эти суммы желательно узнать в ПФ, получив акт сверки :-)