Возможно, где-то уже аналогичное есть, но в нужный момент не нашел ...
Для удобства все внешние обработки складываем в одну папку, допускается одна вложенность, например делаем папки по категориям или как Вам будет удобно, можно и не делать, кому как удобно.
Запускаем данную обработку, можно через "Главное меню" -> Файл -> Открыть, если типовая конфигурация, можно через "Печатные формы, обработки и отчеты" -> "Дополнительные отчеты и обработки", или, если хотите, через Конфигуратор.
Режим использования синхронных вызовов = ИСПОЛЬЗОВАТЬ.
После запуска обработки в поле "Путь к каталогу" выберите каталог со своими обработками, и для удобства переместите форму обработки в левую часть, см 1 скрин, и теперь запуская любую обработку, двойным кликом как обыкновенный файл, она будет отображаться в правой части.
Добавлена сортировка МассивФайлов, теперь файлы и каталоги выводятся - список папок потом файлы.