В обработке нужно выбрать тип метаданных "Документы", в появившемся списке выбрать тип документа и нажать на кнопку "Выполнить".
Обработка простая и содержит одну процедуру ОбновитьНумерациюОбъектов(), которая восстановит нумерацию.
Платформа версии 8.3.17.1037.