С помощью обработки "Обработка для групповой записи настроек пользователей" вы сможете записать всем выбранным пользователям одинаковые настройки (регистр сведений "НастройкиПользователей"), при этом исключив из записи индивидуальные настройки (такие как "Основной ответственный", "Основная организация" и т.д.).
Обработка тестировалась в 1С:Предприятие 8.2 "Управление производственным предприятием, редакция 1.3"