Для WINDOWS 2003/2008 прописываем в диспетчере сервера->среда->Запуск програмии следующее
c:\windows\system32\wscript.exe d:\run.js
где "d:\run.js" путь к скрипту и его название.
В самом скрипте с помощью Total Commander (кнопка F4) меняем на свои (нужние):
"имя пользователя" и "пароль", путь к БД, путь к 1с и обробке.В скрипте четко прописано что где писать!