Вариант 1. Необходимо провести регламентные работы прямо на сервере, где стоит 1с:
Запускается 1с вместе с обработкой, скажем, по расписанию. Результат: имеем блокировку базы, указанной в параметрах командной строки, на время, заданное в обработке. Причем на сервере сама 1с "не висит" в ожидании, как это происходит при установке блокировки через командную строку.
Вариант 2. Необходимо очистить базу от пользователей лицу, не связанному с администрированием 1с...
Просто даем право этому лицу на запуск этой обработки. Он при необходимости ее запускает из своей "сессии".