В теории это звучит так: в механизмах платформы имеется возможность задавать признак учета для измерений и ресурсов в регистре бухгалтерии, зависящий от свойства счета учета.
В счетах учета можно указывать признак учета для измерения, т. е. если для счета учета указано, что учет по подразделениям не ведется, следовательно, если выбрать движения по счету, то измерение подразделение должно быть всегда «NULL». Однако на практике бывает такое, что почему-то платформа записывает в движения пустую ссылку на соответствующий справочник. И это приводит к тому, что на остатках счетов могут появиться как отрицательные, так и положительные остатки с разным значением измерения «Подразделение», и эти значения в данном случае будут «Пустая ссылка на подразделение» и «NULL».
Эту проблему можно решить перепроведением документов, но тогда последовательность сдвигается, и нужно снова перезакрывать месяц. В другом случае можно прочитать набор записей для регистратора и в измерение Подразделение (если не балансовое измерение или ресурс, то ПодразделениеДт или ПодразделениеКт) записать значение «Неопределено» и записать данный набор записей. Также обращаю ваше внимание, чтобы Вы сдвинули «дату запрета редактирования данных» для того, чтобы можно было записать набор движений в заданном периоде.
Для решения проблемы остатков с разными подразделениями (NULL и пустая ссылка) можно использовать обработку, приложенную в данной публикации. Если у Вас возникла аналогичная проблема с измерением валюты и ресурсом "валютная сумма", то технология решения проблемы аналогичная, и данную обработку можно адаптировать.