Перед работой обработки в меню Администрирование в разделе "Настройки работы с файлами" необходимо взвести флаг "Хранить файлы в томах на диске" и настроить сами тома.
По результатам работы обработки элементы справочников по присоединенным файлам, которые имели тип хранения "В информационной базе", пометятся на удаление (во избежание ситуации, чтобы файлы не исчезли бесследно) и появятся дублирующие элементы с типом хранения "В томах на диске".
Далее после проверки необходимо воспользоваться обработкой "Удаление помеченных объектов", которая удалит ненужные дубли.
И в конце необходимо произвести тестирование и исправление информационной базы (режим Конфигуратора) с пунктом "Сжатие таблиц информационной базы". Объем базы уменьшится на объем выведенных в тома файлов.