Данная обработка нужна, чтобы объединить несколько договоров контрагента в один.
В моем случае это понадобилось после перехода с Бухгалтерии 7.7 на 2.0. В основном, из-за неточного понимание бухгалтера что такое "Договор контрагента". Она разделяла накладные и оплату по разным договорам и получала зависшие остатки по 60.02 счету.
Галка "Пометить на удаление" - означает, что после обработки замещения идет пометка на удаление отмеченных элементов.
Галка "Установить договор основным" - означает, что договор находящийся в поле "основной договор" проставляется у контрагента основным.