Вдохновением послужила статья Выгрузка данных в Excel с добавлением формул (нюансы формирования формул), а также отсутствие в интернете описанного подхода по работе с формулами.
Основная идея в том, что файл Excel по сути является zip-архивом с файлами внутри. Файлы, в свою очередь, можно редактировать с помощью объекта платформы ДокументDOM.
В данном примере приводится заполнение формул со стилем ссылок "по умолчанию", так называемый ссылочный стиль A1. Например: "=A1+B2".
Важно: Предварительно, сам файл должен быть корректно сформирован (корректный формат данных в ячейках).
Есть куча статей, в которых описано, как это сделать для числовых значений (настройка в макете).

Итак, алгоритм действий следующий:
1. Распаковка файла Excel как zip-архива
ВременныйКаталог = КаталогВременныхФайлов() + "\excel_temp\";
СоздатьКаталог(ВременныйКаталог);
ИзвлечьАрхив(ПутьДоФайла, ВременныйКаталог);
2. Работа с XML файлом листа документа Excel и заполнение формул
ПутьДоXMLФайлаЛист1 = ВременныйКаталог + "xl\worksheets\sheet1.xml";
// Чтение распакованного xml-файла листа 1 в ДокументDOM
ДокументDOM = ПолучитьDOMДокументИзXMLФайла(ПутьДоXMLФайлаЛист1);
ВсеЯчейки = ДокументDOM.ПолучитьЭлементыПоИмени("c");
ВсеСтроки = ДокументDOM.ПолучитьЭлементыПоИмени("row");
ВсегоСтрок = ВсеСтроки.Количество();
// Обход ячеек и определение формул по произвольному алгоритму
Для Каждого Ячейка Из ВсеЯчейки Цикл
Формула = Неопределено;
ИмяЯчейки = Ячейка.ПолучитьАтрибут("r");
Если ИмяЯчейки = Неопределено Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;
ИмяСтолбца = Сред(ИмяЯчейки, 1, 1);
ИмяСтроки = Сред(ИмяЯчейки, 2);
НомерСтроки = Число(ИмяСтроки);
// Сборка формулы по условиям для ячейки в формате "=A1+B2"
// Тут необходимо прописать логику по определению формулы
Формула = "=A1+B2";
Если Формула = Неопределено Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;
Пока Ячейка.ЕстьДочерниеУзлы() Цикл
Ячейка.УдалитьДочерний(Ячейка.ПервыйДочерний);
КонецЦикла;
// Заполнение формулы
ЭлФормула = ДокументDOM.СоздатьЭлемент("f");
ЭлФормула.ТекстовоеСодержимое = Формула;
Ячейка.ДобавитьДочерний(ЭлФормула);
КонецЦикла;
// Запись модифицированного объекта ДокументDOM в xml-файл листа 1
СохранитьDOMДокументКАКXMLФайл(ДокументDOM, ПутьДоXMLФайлаЛист1);
3. Запаковка измененных файлов обратно в архив (Excel-файл) и удаление временных файлов
УдалитьФайлы(ПутьДоФайла);
СобратьАрхив(ВременныйКаталог, ПутьДоФайла);
УдалитьФайлы(ВременныйКаталог);
Для удобства, все вынесено в отдельный общий модуль, привожу его листинг:
#Область ПрограммныйИнтерфейс
Процедура ЗаполнитьФормулыВФайлеExcel(ИмяМакета, ПутьФайла) Экспорт
Если ИмяМакета = "НазваниеМакетаВашейПечатнойФормы" Тогда
ЗаполнитьФормулыВФайлеНазваниеВашейПечатнойФормы(ПутьФайла);
КонецЕсли;
КонецПроцедуры
// Процедура - Извлечь архив
// Извлекает переданный архив в нужную папку
// Параметры:
// ПутьФайла - Строка - путь до архива к распаковке
// ПутьКаталога - Строка - путь для распаковки архива
//
Процедура ИзвлечьАрхив(ПутьФайла, ПутьКаталога) Экспорт
ДДФайла = Новый ДвоичныеДанные(ПутьФайла);
Поток = Новый ПотокВПамяти(ПолучитьБуферДвоичныхДанныхИзДвоичныхДанных(ДДФайла));
Архив = Новый ЧтениеZipФайла(Поток);
Архив.ИзвлечьВсе(ПутьКаталога, РежимВосстановленияПутейФайловZIP.Восстанавливать);
Архив.Закрыть();
Поток.Закрыть();
КонецПроцедуры
// Процедура - Собрать архив
// Упаковывает файлы из указанного каталога в архив
// Параметры:
// ПутьКаталога - Строка - Путь до каталога с файлами к архивации
// ПутьФайла - Строка - Путь размещения создаваемого архива
//
Процедура СобратьАрхив(ПутьКаталога, ПутьФайла) Экспорт
Архив = Новый ЗаписьZipФайла(ПутьФайла);
Архив.Добавить( ПутьКаталога + "\*.*",
РежимСохраненияПутейZIP.СохранятьОтносительныеПути,
РежимОбработкиПодкаталоговZIP.ОбрабатыватьРекурсивно);
Архив.Записать();
КонецПроцедуры
// Функция - Получить DOMДокумент из XMLФайла
// Возвращает указанный xml файл в виде дом модели
// Параметры:
// ПутьXMLФайла - Строка - путь xml файла, который нужно получить как дом документ
//
// Возвращаемое значение:
// ДокументDOM - полученный ДокументDOM
//
Функция ПолучитьDOMДокументИзXMLФайла(ПутьXMLФайла) Экспорт
ЧтениеXML = Новый ЧтениеXML;
ЧтениеXML.ОткрытьФайл(ПутьXMLФайла);
ПостроительDOM = Новый ПостроительDOM;
ДокументDOM = ПостроительDOM.Прочитать(ЧтениеXML);
ЧтениеXML.Закрыть();
Возврат ДокументDOM;
КонецФункции
// Процедура - Сохранить DOMДокумент КАКXMLФайл
// Сохраняет переданный дом документа, в указанный файл
// Параметры:
// ДокументDOM - ДокументDOM - Документ, который нужно сохранить
// ПутьXMLФайла - Строка - путь до файла xml в который нужно сохранить
//
Процедура СохранитьDOMДокументКАКXMLФайл(ДокументDOM, ПутьXMLФайла) Экспорт
ЗаписьXML = Новый ЗаписьXML();
ЗаписьXML.ОткрытьФайл(ПутьXMLФайла);
ЗаписьDOM = Новый ЗаписьDOM();
ЗаписьDOM.Записать(ДокументDOM, ЗаписьXML);
ЗаписьXML.Закрыть();
КонецПроцедуры
#КонецОбласти
#Область СлужебныеПроцедурыИФункции
Процедура ЗаполнитьФормулыВФайлеНазваниеВашейПечатнойФормы(ПутьДоФайла)
ВременныйКаталог = КаталогВременныхФайлов() + "\excel_temp\";
СоздатьКаталог(ВременныйКаталог);
ИзвлечьАрхив(ПутьДоФайла, ВременныйКаталог);
ПутьДоXMLФайлаЛист1 = ВременныйКаталог + "xl\worksheets\sheet1.xml";
// Чтение распакованного xml-файла листа 1 в ДокументDOM
ДокументDOM = ПолучитьDOMДокументИзXMLФайла(ПутьДоXMLФайлаЛист1);
ВсеЯчейки = ДокументDOM.ПолучитьЭлементыПоИмени("c");
ВсеСтроки = ДокументDOM.ПолучитьЭлементыПоИмени("row");
ВсегоСтрок = ВсеСтроки.Количество();
// Обход ячеек и определение формул по произвольному алгоритму
Для Каждого Ячейка Из ВсеЯчейки Цикл
Формула = Неопределено;
ИмяЯчейки = Ячейка.ПолучитьАтрибут("r");
Если ИмяЯчейки = Неопределено Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;
ИмяСтолбца = Сред(ИмяЯчейки, 1, 1);
ИмяСтроки = Сред(ИмяЯчейки, 2);
НомерСтроки = Число(ИмяСтроки);
// Сборка формулы по условиям для ячейки в формате "=A1+B2"
// Тут необходимо прописать логику по определению формулы
Формула = "=A1+B2";
Если Формула = Неопределено Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;
Пока Ячейка.ЕстьДочерниеУзлы() Цикл
Ячейка.УдалитьДочерний(Ячейка.ПервыйДочерний);
КонецЦикла;
// Заполнение формулы
ЭлФормула = ДокументDOM.СоздатьЭлемент("f");
ЭлФормула.ТекстовоеСодержимое = Формула;
Ячейка.ДобавитьДочерний(ЭлФормула);
КонецЦикла;
// Запись модифицированного объекта ДокументDOM в xml-файл листа 1
СохранитьDOMДокументКАКXMLФайл(ДокументDOM, ПутьДоXMLФайлаЛист1);
УдалитьФайлы(ПутьДоФайла);
СобратьАрхив(ВременныйКаталог, ПутьДоФайла);
УдалитьФайлы(ВременныйКаталог);
КонецПроцедуры
#КонецОбласти