Сравнивать можно объекты по-разному, но тут просится механизм «Сравнить файлы», доступный через меню «Файл» - «Сравнить файлы»:
Доступный как в обычном, так и в управляемом приложении, а так же есть возможность сделать это программно:
, но есть одна «пакость» - для тонкого клиента этот метод не работает, а запускать управляемое приложение «толстым клиентом» не всегда удобно. Тут как обычно помог «звонок другу». Сравнение в тонком клиенте управляемого приложения сделал Гусев Н.А.(профиль на ИС //infostart.ru/profile/18469/), за что ему огромное человеческое спасибо!!! За подробностями реализации все вопросы к нему, т.к для разных ОС на разных компьютерах и конфигурациях может работать с использованием разных вариантов сравнения. Если коротко – то сравнение запускается «программным» нажатием кнопок, отсюда и варианты*.
Т.к.
«Сравнить файлы» сравнивает только файлы, и не может сравнить объекты ссылочного
типа: 
вариантов немного - надо создать два табличных документа по метаданным и сравнить их.
Получилось вот так – управляемое приложение:
обычное приложение:
Результат сравнения в обычном приложении:
управляемое для тонкого клиента:
Управляемое для толстого клиента:
Подключение для управляемого приложения:
Кнопка «Создать» - «Загрузить из файла» потом:
Для обычного просто добавить в дополнительные обработки.
В любом режиме можно просто использовать через «Файл» - «Открыть».
* - от Гусева Н.А.
=================================
Поскольку в тонком клиенте объект «СравнениеФайлов» не доступен из встроенного языка 1С, а сравнение файлов доступно только в режиме «1С:Предприятие», оно реализовано через форму сравнения файлов 1С:Предприятия путем эмуляции нажатия клавиш. Эмуляция нажатия клавиш реализована через скриптовый язык AutoHotKey (AHK, http://www.autohotkey.com/, на русском - http://www.script-coding.info). Скрипт и сам AHK находятся в обработке, поэтому никаких дополнительных установок для работы не требуется.
==================================
