Не буду спорить с разработчиками что вручную так может получиться, но при загрузке по наименованию при помощи конвертации данных или что-то ещё, мало ли, возможно.
Для автоматического поиска таких ситуаций и предназначена эта обработка. Основана на имеющейся на диске ИТС обработке "поиск и замена значений", ищет все объекты у которых есть поле организация и оно не совпадает с владельцем подразделения, указанного при поиске.
Все подразделения заполняются автоматически, при желании можно делать поиск не по всем, сняв ненужные галочки. Кнопка Найти над первой табличной частью заполняет вторую списком найденных несоответствий. Приготовьтесь подождать - дело не быстрое.
В найденных результатах автоматически проставляются найденные по тому же наименованию, но с правильным владельцем подразделениями. Остаётся только отметить галочками нужные документы и нажать Выполнить замену значений.
Повторный поиск покажет, что всё чисто.
Как водится, предупреждаю: перед использованием этой обработки обязательно сделайте копию базы.