Использовать обработку очень просто:
1. Выбирается период, за который мы ищем счета-фактуры, в поле некорректный номер указывается номер - у нас слетели номера и у всех слетевших номер стал 00ЦБ-099999 - поэтому в обработке реализован отбор по некорректному номеру.
2. В списке регистра данных регламентированных отчетов, выбираем декларацию, из которой хотим вытянуть номера счет фактур.
Например: Декларация по НДС за 4 квартал 2018 г. (Вид: П. Организация: ...) и нам нужно строчка с видом ДанныеРаздел8.1 (данные других разделов тоже можно проверять)
3. Жмем кнопку "Поискать счет фактуры" и видим результат - если проблемные счета-фактуры были найдены в выбранном разделе декларации, то номер счета-фактуры из декларации будет записан в таблице счетов-фактур
4. После того как мы нашли номера счет фактур в декларации на закладе "Таблица счет-фактур", жмем "Восстановить номера по таблице" и ура! наши номера снова на месте!)
Протестировано на: 1С:Комплексная автоматизация 2 (2.4.6.189), 1С:Предприятие 8.3 (8.3.12.1790).