Обработка формирует поступления по дням т.е. в каком дне возник минус по товару в том дне и формирует поступление на недостающее количество - на начало дня. Если минусы есть в предыдущем периоде (например мы выбрали апрель, а в январе есть минусы по товару) - данные минусы закрываться не будут. Для их закрытия надо выбрать период январь.
Если надо закрыть минусы прошлых периодов но в текущем периоде - то устанавливаем галочку "Закрыть минусы предыдущего периода" - по всем минусам прошлого периода будет создан один документ поступление товаров на первую дату выбранного периода, т.е. в нашем случае на 1 апреля.
Сделала в виде расширения, тестировалось на Бухгалтерии 3.0 (3.0.140.29).