Всё же разработчики не стали усложнять жизнь и предусмотрели режим отладки, в котором обработка, прежде чем использовать модули из макетов, ищет их в папке "libs", расположенной в одной директории с модулем ДиадокПро.
Чтобы включить отладку нужно перейти по шестеренке в меню обработки, затем "Настройки" - Страница "Сервисные функции" и установить флаг "Режим отладки".
Вторым шагом необходимо создать папку "libs" в каталоге обработки ДиадокПро.
Затем в папку "libs" нужно выгрузить модули, которые вы собираетесь отлаживать (либо просто все, чтобы провалиться в них при ошибке выполнения). Имена файлов совпадают с именами макетов, только "_epf" заменяем на ".epf".
Выделяем модуль, по Ctrl + C копируем его имя, дважды кликаем на него и сохраняем в папку:
Это первый этап. Есть ещё второй)
В обработке "ТиповойМодульДиадок" также имеются свои встроенные макеты с интеграционными обработками. Чтобы отладить их, пришлось дописать небольшой костыль в "ТиповойМодульДиадок", так как глобальный флаг отладки в него не передается.
В функцию "ИнициализироватьПеременныеМодуля" я добавил сдедующие строки:
РежимОтладки = Истина;
лФайл = Новый Файл(ЭтотОбъект.ИспользуемоеИмяФайла);
КаталогОбработок = лФайл.Путь;
Теперь, при обращении к модулю интеграции будет предварительно выполняться его поиск в папке "include" (которая, на это раз, должна быть рядом с файлом обработки "ТиповойМодульДиадок.epf").
Создаем эту папку и в неё сохраняем обработки интеграции из типового модуля.
В итоге получаем такую структуру файлов: