Проблема связана с переименованием переменной "ОрганизацияНеПлательшикНДС" в "ОрганизацияПлательшикНДС" и отсутствием изменений в присвоении её значения.
Для исправления требуется в общем модуле "УчетНДСФормированиеОтчетности" в процедуре "ЗаполнитьДекларациюНДС" в строке
ОрганизацияПлательшикНДС = УчетнаяПолитика.СистемаНалогообложения <> Перечисления.СистемыНалогообложения.Общая
вид сравнения "<>" заменить на "="
ОрганизацияПлательшикНДС = УчетнаяПолитика.СистемаНалогообложения = Перечисления.СистемыНалогообложения.Общая