Это возможно почти без программирования, далее рассмотрим на примере в картинках. Есть некий документ, установим для его формы списка флаг произвольного запроса:

Перейдем в конструктор запроса и увидим, что по умолчанию в поля добавились табличные части документа. Они там не нужны и нам их нужно оттуда убрать:

После чего нужно добавить отдельными таблицами нужные нам табличные части:

Подключаем левым соединением табличную часть к основной таблице документа по ссылке:

Теперь группируем все поля, здесь полей табличной части быть не должно:

После этого заходим на закладку "Компоновка данных", "Условия" и добавляем нужные в отборе поля:

Нажимаем "ОК" и видим как выглядит готовый текст запроса:

Если перейти тут же на закладку "Настройки", то увидим новые добавленные поля отбора:

Обратите внимание на то, что реквизит "Подразделение" присутствует как в шапке, так и в табличной части, а в доступных полях отбора всего одно поле, и в такой реализации будет установлен отбор по реквизиту табличной части. Если же нам нужен отбор и по подразделению из шапки, то нужно просто задать другое имя отбора для табличной части:

И вот как стал выглядеть текст запроса:

В настройках видно как изменилось имя поля отбора табличной части и вернулось поле отбора по шапке документа:

Ну, и вот так это выглядит в пользовательском режиме:

Вероятно, также можно разнообразить дополнительные поля отбора, подключая левым соединением любые таблицы данных, лишь бы было поле связи, и добавляя поля таблиц в поля условий компоновки данных. Но, я это не проверял, кому интересно можете поэкспериментировать.
Вступайте в нашу телеграмм-группу Инфостарт